ちびギドラが家から居なくなってしまい失踪事件を疑うちびゴジラたち。
すると、ちびヘドラが怪獣島に古くから伝わるわらべうたの歌詞とこの状況がそっくりだと気付く。
歌を手掛かりにちびギドラを探すことになったちびゴジラたちだったが…